Заключение диссовета по диссертации Концевой И.С.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ДИССЕРТАЦИОННОГО СОВЕТА Д 002.133.01
на базе Федерального государственного бюджетного учреждения науки
Института биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН
ПО ДИССЕРТАЦИИ НА СОИСКАНИЕ УЧЕНОЙ СТЕПЕНИ КАНДИДАТА НАУК
аттестационное дело № _____________
решение диссертационного совета от 29 мая 2014 № 5
О присуждении Концевой Ирине Сергеевне, гражданке России, ученой степени
кандидата биологических наук.
Диссертация «Основные генетические группы Mycobacterium tuberculosis в
Самарской области» по специальности 03.02.07 - генетика принята к защите 13
марта 2014 г., протокол № 3 диссертационным советом Д 002.133.01 на базе
Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института биохимии
и генетики Уфимского научного центра РАН (450054, г. Уфа, пр. Октября, 71, приказ
о создании совета № 75/нк от 12.02.2013 г.).
Соискатель Концевая Ирина Сергеевна, 1986 года рождения, в 2008 г. окончила
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего
профессионального
образования
Самарский
государственный
университет.
Обучается с 2012 г. в очной аспирантуре Самарского государственного университета
на кафедре биологической химии, биотехнологии и биоинженерии, работает по
совместительству биологом в бактериологической лаборатории Государственного
бюджетного учреждения здравоохранения Самарского областного клинического
противотуберкулезного диспансера имени Н.В. Постникова.
Диссертация выполнена на кафедре биологической химии, биотехнологии и
биоинженерии ФГБОУ ВПО Самарского государственного университета и в
бактериологической лаборатории ГБУЗ Самарского областного клинического
противотуберкулезного диспансера имени Н.В. Постникова.
Научный руководитель Макурина Ольга Николаевна, доктор биологических
наук, профессор кафедры биологической химии, биотехнологии и биоинженерии
Самарского государственного университета.
Официальные оппоненты
Мавзютов Айрат Радикович, доктор медицинских наук, профессор, заведующий
кафедрой фундаментальной и прикладной микробиологии ФГБОУ ВПО Башкирского
государственного медицинского университета;
Маркушева
Татьяна
Вячеславовна,
доктор
биологических
наук,
профессор,
руководитель группы генетики микроорганизмов ФГБУН Института биологии
Уфимского научного центра РАН дали положительные отзывы на диссертацию.
Ведущая организация ФГБОУ ВПО Северный государственный медицинский
университет МЗ РФ (г. Архангельск) в своем положительном заключении,
подписанном
д.м.н.,
фтизиопульмонологии
диссертационная
чл.-корр.
РАМН,
Марьяндышевым
работа
Концевой
профессором,
Андреем
И.С.
заведующим
Олеговичем,
представляет
собой
кафедрой
указала,
что
законченный
квалификационный труд, который вносит значительный вклад в решение актуальной
проблемы совершенствования методов борьбы с туберкулезом на территории РФ.
Полученные результаты имеют существенное значение для изучения популяционной
генетики и эволюции микобактерий туберкулеза и могут быть использованы в
практике противотуберкулезных учреждений Самарской области и других регионов
РФ, а также в референс-лабораториях областных, краевых и республиканских
противотуберкулезных учреждений с целью изучения структуры популяции и
генетических особенностей возбудителя туберкулеза на конкретной территории и
дальнейшей
оптимизации
методов
профилактики,
диагностики
и
лечения
туберкулеза. Сделано заключение, что по актуальности, глубине научного
содержания, новизне и достоверности результатов работа соответствует требованиям
п. 9 «Положения о порядке присуждения ученых степеней» (Постановление
Правительства РФ от 24.09.2013 № 842), предъявляемым к кандидатским
диссертациям, а ее автор Концевая И.С. заслуживает присуждения ученой степени
кандидата биологических наук по специальности 03.02.07 - «генетика». В отзыве
имеются вопросы
Соискатель имеет 33 опубликованные работы, в том числе по теме диссертации
17 работ, опубликовано в рецензируемых научных изданиях 8 работ, общим объёмом
59 печатных листа, авторский вклад – 51 печатный лист. Соискателем опубликовано 9
работ в материалах Всероссийских и международных конференций.
Наиболее значимые научные работы по теме диссертации:
1.
Концевая, И. С. Изучение устойчивости к противотуберкулезным препаратам у
Mycobacterium tuberculosis в Самарской области / И. С. Концевая, О. Н. Макурина, Я.
М. Балабанова // В мире научных открытий. – 2010. – № 4. – С. 51-52.
2.
Концевая, И.С. Молекулярная эпидемиология туберкулеза: задачи, методы,
перспективы / И.С. Концевая, В.В. Николаевский, Я.М. Балабанова // Молекулярная
генетика, микробиология и вирусология. – 2011. – № 1. – С. 3-10.
3.
Casali, N. Microevolution of extensively drug-resistant tuberculosis in Russia / N.
Casali, V. Nikolayevskyy, Y. Balabanova, O. Ignatyeva, I. Kontsevaya, S. R. Harris, S. D.
Bentley, J. Parkhill, S. Nejentsev, S. E. Hoffner, R. D. Horstmann, T. Brown, F.
Drobniewski // Genome Res. – 2012. – Т. 22. − 4. – С. 735-745.
4.
Allix-Béguec, C. Proposal of a Consensus Set of Hypervariable Mycobacterial
Interspersed Repetitive-Unit-Variable-Number Tandem-Repeat loci for Subtyping of
Mycobacterium tuberculosis Beijing Isolates / C. Allix-Béguec, C. Wahl, M. Hanekom, V.
Nikolayevskyy, F. Drobniewski, S. Maeda, I. Campos-Herrero, I. Mokrousov, S. Niemann, I.
Kontsevaya, N. Rastogi, S. Samper, L. H. Sng, R.M. Warren, P. Supply // J Clin Microbiol. –
2014. – Т. 52. − № 1. – С. 164-72.
5.
Casali, N. Evolution and transmission of drug-resistant tuberculosis in a Russian
population / N. Casali, V. Nikolayevskyy, Y. Balabanova, S. R. Harris, O. Ignatyeva, I.
Kontsevaya, J. Corander, J. Bryant, J. Parkhill, S. Nejentsev, R. D. Horstmann, T. Brown, F.
Drobniewski // Nat. Genet. – 2014. – Т. 46. − № 3. – С. 279-286.
На диссертацию и автореферат поступило 6 отзывов. Отзывы без замечаний
прислали: ученый секретарь Уральского НИИ фтизиопульмонологии МЗ РФ, к.б.н.,
доцент Вахрушева Д.В.; научный сотрудник лаборатории изотопных исследований
Института теоретической и экспериментальной биофизики РАН, к.б.н. Попова Н.Р.
Заведующая
кафедрой
зоологии
Северо-Осетинского
государственного
университета имени К.Л. Хетугарова, д.б.н., профессор, заслуженный деятель
Высшей школы РФ, заслуженный деятель науки РСО-А Чопикашвили Л.В. считает,
что работа была бы еще ценнее, если бы автор расширил исследования по
молекулярному мутагенезу исследуемых патогенов.
Доцент кафедры медико-биологических дисциплин медицинского института
«РЕАВИЗ», к.б.н. Беляков В.И. отмечает, что в работе отсутствуют практические
рекомендации по внедрению полученных результатов генотипирования в практику
лечебно-профилактической работы и особенно инфекционного контроля.
Научный сотрудник лаборатории «Метаболизм и иммунитет» Института
медико-биологических проблем РАН, к.м.н. Берендеева Т.А. отмечает большое
количество таблиц, часть из которых целесообразно было бы заменить рисунками.
Заведующий
отделом
коллекционных
культур
ГНЦ
прикладной
микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, к.б.н. Богун А.Г. в своем
положительном отзыве сделал замечания к формулировке цели, использованию
некоторых терминов, отметил, что в автореферате даны не полные данные по
описанию объекта исследования и места проведения анализа, подверг сомнению
обоснованность ряда использованных схем экспериментов и некоторых утверждений
и выводов. Были заданы вопросы: почему автор ограничился базой данных MIRUVNTRplus и не использовал для идентификации штаммов более полную базу spol4 и
все ли штаммы группы Beijing лишены делеции в гене pks15/1, представляющем
особый научный интерес.
Во всех отзывах отмечается, что работа Концевой И.С. является законченным
научно-квалификационным исследованием, выполнена на самом современном
методическом уровне и имеет высокую актуальность и научно-практическую
значимость. Работа полностью соответствует требованиям Положения ВАК, а ее
автор заслуживает присуждения ученой степени кандидата биологических наук по
специальности «генетика».
Выбор официальных оппонентов обосновывается тем, что д.м.н., профессор
Мавзютов А.Р. является специалистом в области генетики микроорганизмов и
клинической микробиологии и проводит исследования в области молекулярногенетических основ патогенности микроорганизмов. Д.б.н., профессор Маркушева
Т.В. является специалистом в области генетики микроорганизмов, проводит
исследования в области структурно-функциональной организации генов и геномов
микроорганизмов, геносистематики, экологической генетики. Оппоненты имеют
соответствующие публикации в журналах ВАК и дали свое согласие на
оппонирование.
Выбор
ведущей
государственном
организации
медицинском
обусловлен
университете
наличием
кафедры
в
Северном
фтизиопульмонологии,
сотрудники которой проводят научные исследования по эпидемиологии туберкулеза,
широко известные на всероссийском и международном уровнях; занимаются
разработкой и участием в программах по диагностике, профилактике и лечению
лекарственно-устойчивых форм туберкулеза в Российской Федерации.
Диссертационный
совет
отмечает,
что
на
основании
выполненных
соискателем исследований
-
впервые
проведено
масштабное
исследование
популяционно-генетической
структуры штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих в Самарской
области; при этом установлено преобладание штаммов генетической группы Beijing и
штаммов Евро-Американской линии, а также появление штаммов генетических групп
EAI и Delhi/CAS, ранее не зарегистрированных в регионе;
- показан более высокий уровень кластеризации среди штаммов генетической группы
Beijing (87,7%), по сравнению с таковым у штаммов других генетических групп
(66,3%);
- разработана новая научная идея о роли различных генетических групп M.
tuberculosis в трансмиссии туберкулеза в Самарской области, основанная на
неравномерности их распространения с преобладанием штаммов группы Beijing в
крупных городах, а штаммов остальных групп – в сельской местности;
- на основании данных кластерного анализа подтверждена научная гипотеза о
гетерогенности внутри основных генетических групп,
- установлено, что в составе крупных кластеров Samara4, Samara16, Samara24
преобладают
штаммы,
устойчивые
к
противотуберкулезным
препаратам;
лекарственно-чувствительные штаммы входят в состав малых кластеров или
являются уникальными, что свидетельствует о незначительных уровнях их текущей
трансмиссии;
- показана преобладающая трансмиссионная способность генотипов кластеров
Samara4, Samara12, Samara16, Samara17, Samara24 (Beijing) и Samara227, Samara228
(не-Beijing);
- обнаружены ассоциации между полиморфизмами в гене фосфолипазы С (plcA) и
генетической группой LAM, в генах сенсорной гистидинкиназы (dosT) и
поликетидсинтазы (pks15/1) и группой Beijing, а также в гене липазы (lipR) с
большинством кластеров групп Ghana, Cameroon, Uganda и S;
- показана перспективность предложенного комплексного подхода с использованием
многолокусного
VNTR-генотипирования
и
сполиготипирования
к
изучению
структуры популяции и трансмиссии возбудителя туберкулеза легких в различных
регионах Российской Федерации с учетом гомогенности популяции и преобладания в
ней лекарственно-устойчивых штаммов генетической группы Beijing.
Теоретическая значимость исследования обусловлена тем, что
- полученные результаты существенно дополняют имеющиеся данные об эволюции и
популяционной генетике M. tuberculosis и являются значительным вкладом в
изучение филогенетики и филогеографии возбудителя туберкулеза в России и в мире;
- уточнены положения о взаимосвязи медленно и быстро эволюционирующих
полиморфизмов в геноме M. tuberculosis, включая полиморфизмы в повторяющихся
последовательностях и генах, ассоциированных с лекарственной устойчивостью и
вирулентностью;
- изложены доказательства высокой степени гомогенности популяции M. tuberculosis
в Самарской области и неравномерности распределения групп внутри популяции по
районам изучаемой области, а также генетической гетерогенности внутри групп,
приводящей, в том числе, к неодинаковой трансмиссионной способности;
- установлены ассоциации между фенотипическими свойствами микроорганизма, в
том числе лекарственной устойчивостью и трансмиссионной способностью, и
генетическими свойствами, а также высказаны гипотезы о причинах таких
ассоциаций.
Значение полученных
соискателем результатов исследования для
практики подтверждается тем, что предложения по совершенствованию методов
лабораторной диагностики туберкулеза, разработанные в диссертации, внедрены в
практику
ГБУЗ
«Самарский
областной
клинический
противотуберкулезный
диспансер имени Н.В. Постникова»;
- результаты исследования могут быть использованы в качестве основы для
оптимизации методов профилактики, диагностики и лечения туберкулеза легких в
практике медицинских учреждений, в референс-лабораториях противотуберкулезных
учреждений в других регионах Российской Федерации,